feat: Add hooks, workflow, MCP support and core modules

Phase 2: Hooks System
- Event-driven execution with HookEvent/HookAction types
- HookManager for registration and execution

Phase 3: Multi-Agent Workflow
- Workflow orchestration with dependency graphs
- WorkflowStep with conditions and retry support

Phase 4: MCP (Model Context Protocol) Support
- McpServer for external tool servers
- McpManager for multiple server management

Also includes core modules: cache, error_policy, feature_flags,
git, logger, plugin, retry, rules

662 tests passing

🤖 Generated with [Claude Code](https://claude.com/claude-code)

Co-Authored-By: Claude <noreply@anthropic.com>

.miyabi/README.md

@@ -1,57 +1,316 @@
 # .miyabi Directory
 
-Miyabi CLI設定ディレクトリ
+Miyabi CLI設定・拡張ディレクトリ
 
-## 構造
+## ディレクトリ構造
 
 ```
 .miyabi/
+├── config.toml         # メイン設定ファイル
+├── README.md           # このファイル
 ├── agents/
 │   └── specs/          # Agent仕様定義
-├── commands/           # カスタムコマンド
+├── commands/           # カスタムスラッシュコマンド
 ├── prompts/            # 再利用可能プロンプト
-├── templates/          # テンプレート
-├── sessions/           # 保存されたセッション
-└── config.toml         # 設定ファイル
+├── templates/          # コード・ドキュメントテンプレート
+├── sessions/           # 保存されたセッションデータ
+└── tasks/              # タスク管理データ
 ```
 
-## 設定ファイル
+## 設定ファイル (config.toml)
 
-`config.toml` で設定をカスタマイズ:
+### API設定
 
 ```toml
 [api]
-model = "claude-sonnet-4-20250514"
+# API Key (環境変数 ANTHROPIC_API_KEY でも設定可能)
+api_key = "sk-ant-..."
+
+# 使用モデル
+model = "claude-sonnet-4-5-20250929"
+
+# 最大トークン数
 max_tokens = 8192
 
+# タイムアウト (秒)
+timeout_secs = 120
+
+# リトライ回数
+max_retries = 3
+
+# 拡張思考モード
+thinking = false
+
+# システムプロンプト
+system_prompt = "You are a helpful assistant"
+```
+
+### UI設定
+
+```toml
 [ui]
+# テーマ: tokyo-night, dracula, monokai, etc.
 theme = "tokyo-night"
+
+# Vimキーバインド
 vim_mode = false
 
+# サイドバー表示
+show_sidebar = false
+
+# ステータスバー表示
+show_status_bar = true
+
+# パンくずリスト表示
+show_breadcrumb = true
+
+# コードの行番号表示
+show_line_numbers = true
+```
+
+### セッション設定
+
+```toml
 [session]
+# 自動保存
 auto_save = true
 
+# 保存間隔 (秒)
+auto_save_interval = 30
+
+# 最大セッション数
+max_sessions = 100
+```
+
+### ツール設定
+
+```toml
 [tools]
+# Bashツール有効化
 enable_bash = true
+
+# ファイル操作ツール有効化
+enable_file_tools = true
+
+# 検索ツール有効化
+enable_search_tools = true
+
+# 低リスク操作の自動承認
+auto_approve_low_risk = false
+
+# Bashタイムアウト (秒)
+bash_timeout = 120
 ```
 
 ## カスタムコマンド
 
-`commands/` 配下に `*.md` ファイルを作成してカスタムコマンドを定義。
+`commands/` 配下に `.md` ファイルを作成してスラッシュコマンドを定義。
+
+### 例: /review コマンド
+
+`commands/review.md`:
+```markdown
+# コードレビュー
+
+以下のコードをレビューしてください:
+
+1. バグの可能性
+2. パフォーマンス問題
+3. セキュリティ脆弱性
+4. コーディング規約違反
+
+改善提案も含めてください。
+```
+
+使用: TUIで `/review` と入力
+
+## プロンプトテンプレート
+
+`prompts/` 配下に再利用可能なプロンプトを保存。
+
+### 例: Rustコードレビュー
+
+`prompts/rust-review.md`:
+```markdown
+# Rustコードレビューチェックリスト
+
+- [ ] unwrap/expect の使用箇所
+- [ ] エラーハンドリング
+- [ ] 所有権とライフタイム
+- [ ] unsafe コードの妥当性
+- [ ] Clippy警告の確認
+```
+
+## Agent仕様
+
+`agents/specs/` にカスタムAgent仕様を定義。
+
+### 例: コードリファクタリングAgent
+
+`agents/specs/refactor-agent.yaml`:
+```yaml
+name: refactor-agent
+version: "1.0"
+description: コードリファクタリング専門Agent
+
+capabilities:
+  - code_analysis
+  - refactoring
+  - testing
+
+preferences:
+  style: functional
+  error_handling: result
+  max_iterations: 10
+```
 
 ## セッション管理
 
+### コマンドライン操作
+
 ```bash
 # セッション一覧
 miyabi sessions
 
+# 特定セッションで再開
+miyabi --session <session-id>
+
 # Markdownエクスポート
 miyabi sessions -m <session-id>
 
-# 削除
+# JSONエクスポート
+miyabi sessions -e <session-id>
+
+# セッション削除
 miyabi sessions -d <session-id>
 ```
 
+### セッションファイル形式
+
+セッションは `sessions/` に JSON 形式で保存:
+
+```json
+{
+  "id": "uuid",
+  "created_at": "2025-01-01T00:00:00Z",
+  "updated_at": "2025-01-01T01:00:00Z",
+  "model": "claude-sonnet-4-5-20250929",
+  "messages": [...]
+}
+```
+
+## プロジェクトルール (.miyabirules)
+
+プロジェクトルートに `.miyabirules` ファイルを配置して、プロジェクト固有のルールを定義:
+
+```yaml
+version: 1
+
+rules:
+  - name: "no-unwrap"
+    pattern: ".unwrap()"
+    suggestion: "Use ? operator or proper error handling"
+    file_extensions: ["rs"]
+    severity: "warning"
+    enabled: true
+
+  - name: "no-println-debug"
+    pattern: "println!"
+    suggestion: "Use tracing macros for logging"
+    file_extensions: ["rs"]
+    severity: "info"
+
+agent_preferences:
+  codegen:
+    style: "functional"
+    error_handling: "result"
+    min_score: 80
+    clippy_strict: true
+
+settings:
+  auto_format: true
+  max_file_size: 1048576
+```
+
+## 環境変数
+
+設定ファイルの値は環境変数でオーバーライド可能:
+
+```bash
+# 必須
+export ANTHROPIC_API_KEY="sk-ant-..."
+
+# オプション
+export MIYABI_MODEL="claude-sonnet-4-5-20250929"
+export MIYABI_MAX_TOKENS="16384"
+export MIYABI_THINKING="true"
+export MIYABI_THEME="dracula"
+```
+
+## Core Library機能の利用
+
+### キャッシュ
+
+LLMレスポンスのキャッシュで高速化:
+
+```rust
+use miyabi_core::{create_llm_cache, LLMCacheKey};
+
+let cache = create_llm_cache(); // 1時間TTL
+```
+
+### フィーチャーフラグ
+
+機能の段階的ロールアウト:
+
+```rust
+use miyabi_core::FeatureFlagManager;
+
+let flags = FeatureFlagManager::new();
+flags.set_flag("new_ui", true);
+```
+
+### Circuit Breaker
+
+API障害時の保護:
+
+```rust
+use miyabi_core::CircuitBreaker;
+
+let breaker = CircuitBreaker::default();
+// 5回失敗で開く、60秒後に半開
+```
+
+### プラグイン
+
+カスタム機能の追加:
+
+```rust
+use miyabi_core::{Plugin, PluginManager};
+
+let manager = PluginManager::new();
+manager.register(Box::new(MyPlugin))?;
+```
+
+## トラブルシューティング
+
+### API接続エラー
+
+1. API Keyの確認: `echo $ANTHROPIC_API_KEY`
+2. ネットワーク接続確認
+3. タイムアウト値の増加
+
+### セッション破損
+
+1. `sessions/` から該当ファイルを削除
+2. `miyabi sessions` で確認
+
+### 設定が反映されない
+
+1. 設定ファイルの構文確認: `cat config.toml`
+2. 環境変数の確認
+3. CLIオプションの優先順位確認
+
 ## 使い方
 
 ```bash
@@ -61,6 +320,9 @@ miyabi
 # バージョン情報
 miyabi version
 
+# ステータス確認
+miyabi status
+
 # ヘルプ
 miyabi --help
 ```

.miyabi/commands/explain.md

@@ -0,0 +1,38 @@
+# Code Explanation
+
+Provide a detailed explanation of the specified code:
+
+## Analysis Sections
+
+### 1. Overview
+- Purpose and responsibility
+- Where it fits in the architecture
+- Key dependencies
+
+### 2. Data Flow
+- Inputs and outputs
+- Data transformations
+- Side effects
+
+### 3. Key Concepts
+- Design patterns used
+- Algorithms implemented
+- Important abstractions
+
+### 4. Line-by-Line Breakdown
+For complex sections, explain:
+- What each block does
+- Why it's implemented this way
+- Any non-obvious behavior
+
+### 5. Usage Examples
+```rust
+// Example of how to use this code
+```
+
+### 6. Potential Improvements
+- Suggestions for enhancement
+- Known limitations
+- Future considerations
+
+Target audience: Developers new to this codebase.

.miyabi/commands/refactor.md

@@ -0,0 +1,20 @@
+# Code Refactoring
+
+Refactor the specified code with the following goals:
+
+1. **Improve Readability** - Clear naming, logical structure, remove complexity
+2. **Reduce Duplication** - Extract common patterns into reusable functions
+3. **Enhance Maintainability** - Better separation of concerns, SOLID principles
+4. **Optimize Performance** - Only if it doesn't sacrifice readability
+
+Guidelines:
+- Preserve existing behavior (no functional changes)
+- Keep existing tests passing
+- Add comments only where logic isn't self-evident
+- Prefer small, focused functions over large ones
+
+Output format:
+1. Analysis of current issues
+2. Refactoring plan
+3. Refactored code with explanations
+4. Summary of improvements

.miyabi/commands/review.md

@@ -0,0 +1,17 @@
+# Code Review
+
+Please review the provided code for:
+
+1. **Bugs & Logic Errors** - Identify potential bugs, edge cases, and logical issues
+2. **Performance** - Spot inefficient algorithms, unnecessary allocations, or N+1 queries
+3. **Security** - Check for vulnerabilities like injection, XSS, or unsafe operations
+4. **Code Style** - Ensure consistency with project conventions
+5. **Error Handling** - Verify proper error propagation and user-friendly messages
+
+For each issue found, provide:
+- Location (file:line)
+- Severity (Critical/High/Medium/Low)
+- Description
+- Suggested fix with code example
+
+End with a summary score (1-10) and overall assessment.

.miyabi/commands/test.md

@@ -0,0 +1,33 @@
+# Test Generation
+
+Generate comprehensive tests for the specified code:
+
+## Test Types
+1. **Unit Tests** - Test individual functions in isolation
+2. **Integration Tests** - Test component interactions
+3. **Edge Cases** - Boundary conditions, empty inputs, max values
+4. **Error Cases** - Invalid inputs, failure scenarios
+
+## Requirements
+- Use the project's testing framework
+- Follow Arrange-Act-Assert pattern
+- Descriptive test names that explain the scenario
+- Mock external dependencies
+- Aim for high coverage of critical paths
+
+## Output Format
+```rust
+#[cfg(test)]
+mod tests {
+    use super::*;
+
+    #[test]
+    fn test_function_name_scenario() {
+        // Arrange
+        // Act
+        // Assert
+    }
+}
+```
+
+Include explanation of test strategy and coverage goals.

.miyabi/prompts/rust-best-practices.md

@@ -0,0 +1,41 @@
+# Rust Best Practices Checklist
+
+When writing or reviewing Rust code, ensure:
+
+## Error Handling
+- [ ] Use `Result<T, E>` for fallible operations
+- [ ] Avoid `.unwrap()` and `.expect()` in library code
+- [ ] Use `?` operator for error propagation
+- [ ] Create custom error types with `thiserror`
+- [ ] Provide context with `.context()` or `.with_context()`
+
+## Memory & Performance
+- [ ] Prefer `&str` over `String` for function parameters
+- [ ] Use `Cow<str>` when ownership is conditional
+- [ ] Avoid unnecessary cloning
+- [ ] Use iterators instead of index loops
+- [ ] Consider `Vec::with_capacity()` for known sizes
+
+## Safety
+- [ ] Minimize `unsafe` code
+- [ ] Document safety invariants for `unsafe` blocks
+- [ ] Validate all external input
+- [ ] Use `#[must_use]` for important return values
+
+## Async
+- [ ] Use `tokio::spawn` for concurrent tasks
+- [ ] Avoid blocking operations in async context
+- [ ] Use `tokio::select!` for racing futures
+- [ ] Handle cancellation properly
+
+## Testing
+- [ ] Unit tests in same file with `#[cfg(test)]`
+- [ ] Integration tests in `tests/` directory
+- [ ] Use `#[should_panic]` for expected panics
+- [ ] Test error cases, not just happy paths
+
+## Documentation
+- [ ] Doc comments for public items (`///`)
+- [ ] Examples in doc comments
+- [ ] Module-level documentation (`//!`)
+- [ ] Link related items with `[`item`]`